伊賀小学校に校舎を焼かれてしまったあわて丸たちは、外で技を磨くため一年間の旅に出る。
でもその成果で通信簿がつけられちゃうから手は抜けない！ 忍者のことならなんでもわかる忍法大百科事典の巻物を手に入れるため、えらい仙人のところに弟子入りしたあわて丸だが…。
広場をかけて伊賀小学校と忍法野球試合をすることになったあわて丸たち。
しかしむこうはしゃもじのバットやローラースケートを使ってきて、甲賀小学校は大苦戦！ 向こうの秘密兵器、ぐるぐる魔球を打てるのはあわて丸だけだ！友だちと怪談話を楽しんでいたあわて丸は自分は絶対幽霊なんか信じないと自信満々。
そしたらホントに幽霊があらわれちゃった！ さらにカッパに天狗に鬼に、日本中の妖怪が勢ぞろい。
今度のあわて丸はオカルト大特集だ！ なんと甲賀小学校が宿敵伊賀小学校と合併！ あこがれの伊賀のさゆりちゃんと一緒に勉強できるのはうれしいけれど、学校は大騒ぎ！ 早速校舎の建設を伊賀と甲賀でめぐって大ゲンカが始まり、ついには校長選挙が行われることに…。
ついにあわて丸たちも卒業の時…。
しかし、その前に大事な大事な卒業試験をクリアしないと一人前の忍者とは認められず、卒業できないのだ！ カンニングを企むあわて丸だが、はたしてうまくいくのか…、そしてさゆりちゃんとの恋の行方は？ 忍者学園コメディ、完結！続きはこちらから⇒ttp://www.ebookjapan.jp/shop/book.asp?sku=60008930